Fabricado en 1966 por Organería Española, fue completamente reconstruido en 2009 por la empresa BLANCAFORT, O.M. (Collbatò-Barcelona). La reconstrucción ha reorientado su estética sonora hacia un órgano de tipo sinfónico moderno. Por su grandiosa y cuidada sonoridad, le corresponde un puesto de honor entre los órganos de Navarra. Especialmente dotado para actividades musicales de calidad, sean litúrgicas, culturales o formativas, el órgano de Leyre abre un horizonte nuevo a la vida musical en Navarra. El diseño de la fachada ha sido realizado por los arquitectos Javier Sancho y María del Olmo.

Órgano de 44 registros con 2.750 tubos, distribuidos en tres teclados manuales de 58 notas C-a’’’.

Un teclado de pedal de 32 notas C-g’.

Consola móvil sobre plataforma con ruedas ubicada en la nave central. Accionamiento eléctrico de los registros con combinador ELTEC.

Tensión del sistema 24 v. cc.

Cotas de los elementos de la consola según normas *BDO.

Teclados de ivorina con sostenidos de ébano.

Pedalero en madera noble, sostenidos de ébano.

Banco en madera de altura ajustable.

Fachada con los tubos primitivos de cobre (de 16´y 8).

Caja expresiva de gran efectividad para los teclados 2 y 3.

Secretos de correderas con fuelle incorporado.

Caída 0 de la presión del aire en grandes acordes.

Altura de tono A: 440Hz a 20ºC Partición temperada. Transpositor +- 3HT.

Sistema REPLAY.

Entrada-salida MIDI.