El primer dato acerca del Monasterio nos viene dado por una visita de S. Eulogio de Córdoba a Navarra en 848, que quedó fascinado de la biblioteca legerense donde encontró un interesante libro sobre la vida de Mahoma. La alusión que hace de otras bibliotecas monásticas de la zona confirma el florecimiento cultural que reinaba en los centros monásticos del joven reino pirenaico.
Las medidas desamortizadoras en el siglo XIX promovidas por el ministro Mendizábal, afectarán fatalmente a los bienes y a la vida monástica en España. Con la definitiva extinción de la vida monástica en 1836, la biblioteca de Leyre ―con 2.397 volúmenes inventariados― quedó irremediablemente dispersa y deshecha, como sucedió en multitud de casos.
Con la restauración de la vida monástica en 1954 se crea una nueva biblioteca con fondos procedentes de donaciones de Instituciones públicas y privadas, y adquisiciones de la propia comunidad. En 1983 se remodela el espacio físico de todas sus salas. En 1994 la biblioteca se incorporó al foro ABIE. En 2002 se inicia la catalogación del fondo antiguo (Catálogo Colectivo del Patrimonio Bibliográfico Español). El fondo bibliográfico ronda los 60.000 volúmenes y se reciben un centenar de publicaciones periódicas, centrándose en las Ciencias Eclesiásticas.
El fondo antiguo e histórico, un tercio del fondo total, procede en su totalidad de donaciones, entre ellas: del Seminario de San Juan bautista de Pamplona, de los PP. Carmelitas de Pamplona, de la abadía benedictina de Farnborough (Reino Unido), de los PP. Pasionistas de Tafalla. La inmensa mayoría pertenece a los siglos XVI al XVIII. Sobresalen: Libri Sententiarum de Pedro Lombardo (1493), Biblia hebraica (1553), editio princeps de las Obras de S. Juan de la Cruz (1618), Musurgia universalis de A. Kircher (1650), Enciclopedia francesa (1780) de Diderot y D’Alembert.
“Preservar… restaurar… difundir”, resume el sentido de nuestro proyecto Scriptorium legerense. Queremos así preservar el patrimonio bibliográfico recibido, movidos por una ética de conservación y poder así transmitir la herencia cultural a las futuras generaciones, centrándonos sobre todo en la labor de restauración del fondo antiguo. Esto es posible gracias a una competente restauración, al mecenazgo de la empresa Viscofan, S.A y a la concesión del sello MECNA a dicho proyecto por parte del Gobierno de Navarra.
